random mutation and natural selection

All modern human science suffers from this:

http://www.latimes.com/opinion/op-ed/la-oe-teicholz-wansink-dietary-guidelines-20181009-story.html
Sloppy science bears substantial blame for Americans' bad eating habits


https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(18)32840-X/fulltext?utm_campaign=lancet&utm_content=83224321&utm_medium=social&utm_source=twitter&hss_channel=tw-27013292

• Rush CJ 
• Campbell RT 
• Jhund PS 
• Petrie MC 
• McMurray JJV

Association is not causation: treatment effects cannot be estimated from observational data in heart failure.

Eur Heart J. 2018; 39: 3417-3438

a counter is here:
https://www.sciencedirect.com/journal/social-science-and-medicine/vol/210/suppl/C


Genetic Misdiagnoses and the Potential for Health Disparitieshttps://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMsa1507092

John P. A. Ioannidis, MD, DSc
The Challenge of Reforming Nutritional Epidemiologic Research
https://jamanetwork.com/journals/jama/article-abstract/2698337

In the Era of Precision Medicine and Big Data, Who Is Normal?https://jamanetwork.com/journals/jama/article-abstract/2679460

Why Most Published Research Findings Are False
https://journals.plos.org/plosmedicine/article?id=10.1371/journal.pmed.0020124

=-=-=-=

https://jamanetwork.com/journals/jama/article-abstract/2498853
Clinical Genomics
From Pathogenicity Claims to Quantitative Risk Estimates
Arjun K. Manrai, PhD1; John P. A. Ioannidis, MD, DSc2,3; Isaac S. Kohane, MD, PhD1
Author Affiliations
JAMA. 2016;315(12):1233-1234. doi:10.1001/jama.2016.1519

Fifteen years after the Human Genome Project, genomic variants have been associated with disease risk and outcomes in thousands of publications. Based largely on this literature, physicians who order genetic testing receive reports that indicate whether “pathogenic” variants have been found. This information aspires to form the basis of precision medicine. Knowledge of pathogenic variants is expected to lead to optimal management of individuals as well as their families through recommendations about further screening, prevention, and tailored treatment. However, in this Viewpoint, we suggest that current information on pathogenic variants is typically impossible to act on. This information is often unreliable and generally does not provide a quantitative measure of risk. The information the physician usually needs is the likelihood of disease among patients with the variant (penetrance), and an assessment of whether the genetic profile requires action or not.

=-=-=
Stepehen C Myers’s  Darwin’s something
Does the math



James Tour has said that he does not understand the molecular mechanism by which micro-evolution could happen....

It also seems that evolution is in contra to Entropy, by nature there is less structure and the random events all follow a downward spiral of energy.  From where does the structure and energy come from to create evolutionary biology?
http://www.icr.org/article/does-entropy-contradict-evolution/
http://curious.astro.cornell.edu/about-us/136-physics/general-physics/thermodynamics/816-does-evolution-contradict-the-second-law-of-thermodynamics-intermediate
https://advocatusatheist.wordpress.com/category/the-argument-from-entropy/

The counter argument here: 
http://curious.astro.cornell.edu/about-us/136-physics/general-physics/thermodynamics/816-does-evolution-contradict-the-second-law-of-thermodynamics-intermediate 
conflates different scales.  I think they want to argue that the mutations will be ordered because somewhere outside the organism other mutations will be disordered...weird. Here they say:
"However, evolution does not take place in a closed system, but rather requires the existence of outside forces - i.e., natural selection."
This makes even less sense.  The random mutations are not random since after they mutate natural selection limits their ability to reproduce...

=-=-=-

Guy Sella (if I understood correctly) here https://www.youtube.com/watch?v=8IDNDaVcuXU (towards the end) says that it would take 5 million mutations to affect the height and roughly half that to affect the BMI.

Yet the number of mutations seems to be in the neighborhood of 1 per generation....

from:
http://book.bionumbers.org/what-is-the-mutation-rate-during-genome-replication/

Given the existence of these various mechanisms of genome rearrangement, it is interesting to consider the extent to which the space of possible genomic mutations is explored.  A recurring class of estimates in various contexts, such as the famed Levinthal paradox, center on how well biological systems “explore” the space of all possible outcomes.  In many of these examples (protein folding, space of possible genomes, etc.), the astronomical numbers of possible outcomes are simply staggering.  As a result, it is easy to wonder how thoroughly the space of possible mutations is “searched” within the human population. We explore how such an estimate might go in Figure 5. Given that there are about 7 billion people on earth, with on the order of ≈10 mutations per generation, we estimate that the current human occupants of the planet explore roughly 7×109x10 ≈ 1011 new mutations during the turnover from one generation to the next. This means that if we focus our attention on any single site within the 3 billion base pair human genome, dozens of humans harbor a mutation in that particular site. As a result, the space of single base pair mutations is fully explored amongst the entire population of humans on earth. On the other hand, if we consider a specific two base pair mutation we find that by random mutation it would require on the order of 107 generations of the human population to achieve it by chance!

And everyone seems to say that environment and pleiotropy (effects of other non directly associated elements) determine the mutation.... 

So, really there is very little random mutation, and the environment is the main driver of change....

so when sciam says:

But this does not mean that the mutations themselves occurred nonrandomly. In retrospect, it's as if they occurred where needed. But in fact they just accumulated where needed—first one, then another, and another, over very many generations. Getting two or more helpful mutations together in the same genome may take a while, but if they are not lost from the population, then this will eventually happen in a sexual species.

they are hiding behind ignorance, 'may take a while', like 10^7 years/generations?

The dependent probability is ZERO that two people will have significant mutations and those mutations will re-enforce each other and not get cancelled out and that will happen for numerous generations (since to affect change numerous mutations are necessary, 5 million if I understood Guy Sella...)

=-=-=-=--=-
Now thinking that the problem with the science of evolution is that there are no experiments to prove or disprove a theory.  How do you check if the reason teeth are smaller is because Humans developed a tool to crush food?  Get two populations of early humanoids and give one set a tool and the other don’t ?

=-=-= a different example:

=-=- an example might be:
https://www.skepticalscience.com/weather-forecasts-vs-climate-models-predictions.htm
So if we measure a lower level fact, that exists in a high dimensional space it does not help us underside a higher level behavior.  Unless we assume causative model.


Also we need to assume a distribution, such as a normal/gaussian distribution.  So we know how many observations we need.

לך לך

{א} וַיֹּאמֶר ה׳ אֶל אַבְרָם לֶךְ לְךָ מֵאַרְצְךָ וּמִמּוֹלַדְתְּךָ וּמִבֵּית אָבִיךָ אֶל הָאָרֶץ אֲשֶׁר אַרְאֶךָּ
רש״י: {א} לך לך. להנאתך ולטובתך

{יג} אִמְרִי נָא אֲחֹתִי אָתְּ לְמַעַן יִיטַב לִי בַעֲבוּרֵךְ וְחָיְתָה נַפְשִׁי בִּגְלָלֵךְ:

{טז} וּלְאַבְרָם הֵיטִיב בַּעֲבוּרָהּ וַיְהִי לוֹ צֹאן וּבָקָר וַחֲמֹרִים וַעֲבָדִים וּשְׁפָחֹת וַאֲתֹנֹת וּגְמַלִּים:

נראה לי פשוט, שהתורה הגדירה הטבה שאברהם קיבל, צאן ובקר וכדומה.  והמדרש מקישבה לשפת המקרא, אברהם ביקש משרה ׳למען ייטב לי׳, ופרעה נענה ׳ולאברם היטיב׳.  כיצד ידע אברהם לחפש טובה?  עונה המדרש, ׳לך לך׳ להנאתך לטובתך.

האם זה באמת טוב לאברהם?  האם אברהם נהנה בזה שלקחו את אישתו ונתתו לו צאן ובקר עבורה?  ובהמשך, התורה אומרת:

{ב} וַיֹּאמֶר קַח נָא אֶת בִּנְךָ אֶת יְחִידְךָ אֲשֶׁר אָהַבְתָּ אֶת יִצְחָק וְלֶךְ לְךָ אֶל אֶרֶץ הַמֹּרִיָּה וְהַעֲלֵהוּ שָׁם לְעֹלָה עַל אַחַד הֶהָרִים אֲשֶׁר אֹמַר אֵלֶיךָ:

אותה ביטוי, ׳לך לך׳, ונוכל להמשיך לדרוש ׳לטובתך ולהנאתך׳.  האם עליית יצחק לעלה היא הטבה?  האם יש הנאה בזה?

נראה לי שהכוונה ׳לך לך: להנאתך ולטובתך׳ היא לא שבסוף הדרך אברהם יקבל טוב, חלילה שאברהם העובד את ה׳ מאהבה יחפש טובה כשכר על מעשיו.  אלא שהקב״ה מצווה את אברהם לחיות חיים של הנאה וטוב.

ונראה שאכן כך הם חיים של נהתנות, ומי שמחפש טובה לעצמו צפוי לקבל הרבה כאב.  אז

השאלה היא, מדוע אם כך הקב״ה ביקש שאברהם יחיה חיים של הנאה וטובה, שילך לעצמו, מדוע הקב״ה רצה שחייו של אברהם יהיו במסגרת של ׳לך לך׳, עצמאי, ובודד?

מעבר לכך שאברהם נתייחד ונבדד משאר האומות ואנשים, גם שרה נבדלת:
{א} ה׳ פָּקַד אֶת שָׂרָה כַּאֲשֶׁר אָמָר וַיַּעַשׂ ה׳ לְשָׂרָה כַּאֲשֶׁר דִּבֵּר:

מדוע לבודד את האבות כך?

ונראה לי שקיימת סקאלה טבעית לכל דבר, יש דרגה ומקום הראוי לכל חפץ תחת השמים.

https://ashlag-cause-and-kook-affect.blogspot.com/2018/10/the-natural-scale-of-thing.html

להבנתי לאחרונה קיימת בעיה שהגדרת הסקאלה במחקר. פרופ׳ אינודיס

https://ashlag-cause-and-kook-affect.blogspot.com/2018/10/random-mutation-and-natural-selection.html

=-=-
http://www.latimes.com/opinion/op-ed/la-oe-teicholz-wansink-dietary-guidelines-20181009-story.html

John Ioannidis, a Stanford University professor and evidence-based medicine expert, recently wrote that, given all of the problems with this kind of nutrition research, “Reform has long been due.” The claims of this weak science, when tested properly by rigorous clinical trials, have been shown in two analyses to be correct only 0% to 20% of the time. This means that 80% to100% of the time, they're wrong.

John P. A. Ioannidis, MD, DSc
Why Most Published Research Findings Are False
https://journals.plos.org/plosmedicine/article?id=10.1371/journal.pmed.0020124

The Challenge of Reforming Nutritional Epidemiologic Research
https://jamanetwork.com/journals/jama/article-abstract/2698337

https://jamanetwork.com/journals/jama/article-abstract/2498853
Clinical Genomics
From Pathogenicity Claims to Quantitative Risk Estimates
"However, in this Viewpoint, we suggest that current information on pathogenic variants is typically impossible to act on. This information is often unreliable and generally does not provide a quantitative measure of risk. The information the physician usually needs is the likelihood of disease among patients with the variant (penetrance), and an assessment of whether the genetic profile requires action or not."

=-=- an example might be:
https://www.skepticalscience.com/weather-forecasts-vs-climate-models-predictions.htm
So if we measure a lower level fact, that exists in a high dimensional space it does not help us underside a higher level behavior.  Unless we assume causative model.

Also we need to assume a distribution, such as a normal/gaussian distribution.  So we know how many observations we need.
=-=-

פקידה היא התמקדות על הפרט.  הרמב״ם במורה, ספר ראשון

פרק י' - פקידה, פירוק מקום על ידי השגחה
אומה, קהילה מול הגר, לראות את השוני באחדות ולפרק את הכלל
הרמב״ם מתייחס ל׳מקום׳, ועליה וירידה ממקום למקום...ואז הוא כותב:

״וכן אם חלה מכה על אומה או על אקלים 14 כפי רצונו המוקדם, 15 אשר מקדימים ספרי הנבואה לפני תיאור אותה המכה, שאותם האנשים פקד ה’ מעשיהם, ואחר כך הביא עליהם את העונש, הרי הוא מכנה גם את העניין הזה בירידה. 

מפני שהאדם קל מכדי שיפקדו 16 מעשיו ויוענש עליהם אלמלי הרצון.
וכבר נתבאר זה בספרי הנבואה, ונאמר: מה אנוש כי תזכרנו ובן אדם כי תפקדנו וכו’ 17, רומז לעניין זה, ולפיכך כנה את זה בירידה אמר: הבה נרדה ונבלה שם שפתם 18, וירד ה’ לראות 19 ארדה נא ואראה 20,״

שמות ל״ב

{לד} וְעַתָּה לֵךְ נְחֵה אֶת הָעָם אֶל אֲשֶׁר דִּבַּרְתִּי לָךְ הִנֵּה מַלְאָכִי יֵלֵךְ לְפָנֶיךָ וּבְיוֹם פָּקְדִי וּפָקַדְתִּי עֲלֵהֶם חַטָּאתָם:

מלכים ב׳ פרק ד׳

יא ויהי היום, ויבוא שמה; ויסר אל-העלייה, וישכב-שמה. יב ויאמר אל-גיחזי נערו, קרא לשונמית הזאת; ויקרא-לה--ותעמוד, לפניו. יג ויאמר לו, אמור-נא אליה הנה חרדת אלינו את-כל-החרדה הזאת, מה לעשות לך, היש לדבר-לך אל-המלך או אל-שר הצבא; ותאמר, בתוך עמי אנוכי יושבת.


במדבר/פרק ג/פסוק טו

אֵ֣לֶּה הַפְּקֻדִ֡ים אֲשֶׁר֩ פָּקַ֨ד מֹשֶׁ֤ה וְאַהֲרֹן֙ וּנְשִׂיאֵ֣י יִשְׂרָאֵ֔ל שְׁנֵ֥ים עָשָׂ֖ר אִ֑ישׁ אִישׁ אֶחָ֥ד לְבֵית אֲבֹתָ֖יו הָיֽוּ

ויקרא/פרק יח/פסוק כה

וַתִּטְמָ֣א הָאָ֔רֶץ וָאֶפְקֹ֥ד עֲוֹנָ֖הּ עָלֶ֑יהָ וַתָּקִ֥א הָאָ֖רֶץ אֶת יֹשְׁבֶֽיהָ

The natural scale of a thing

[The attempt to measure the distance across levels feeds #pseudoscience #badscience #fakeScience,@John Ioannidis and @Christian List]

Everything can be characterized by two properties:
1. Intrinsic qualities and relationships with other things (extrinsic qualities).
2. The intrinsic qualities of a thing, best characterize the thing, if they are as different as possible, i.e. orthogonal.

3. The number of orthogonal qualities is the dimensionality of the thing.

A thing's relationship with other things provides a scale with which to analyze the thing

Everything has a natural scale.

There are two characteristics that define the scale of a thing:

1. The dimensionality of the things at that scale; and

2. The hierarchical relationship between different levels.

A higher level thing has a lower dimensionality than the dimensionality of the lower level things that it is related to.

There can be no metric to measure the distance between two things across levels

Why not?

Well simply:
1. A metric to measure distance between two elements requires that the elements be in the same dimension

2. By comparing two elements at different levels we are reducing the higher dimensional object to the lower dimension, this will collapse the information in the system.

Seems axiomatic. Do I need a proof?

Here is an example:
1. Assuming I want to measure the health benefits of eating a balanced diet.
2. At a high level I can gather data in a three dimensional space, carbs, protein and fat, macro nutrients.
3. I can also gather data at a lower level that is in a higher dimensional space, we can breakdown protein to amino acids. 

4. Now, if I want to compare the distance between two peoples diet, and measure their protein consumption.

5. What is the distance between a macro measure of protein and a micro measure of amino acids?

If I were to try, I could randomly/evenly distribute the macro content across all amino acids.

But that would be false.

Perhaps it is better to define the scale with a graph, social network.

Participation in two identities at the same scale is impossible

1. I can belong concurrently to different identities at different scales, but not multiple identities at the same scale.
2. The reason is that there is no conflict between different scale identities, they are disjoint.
3. Yet if I open my boundary, create an edge between nodes at different scales I will create a conflict.

That is the definition: If you have an edge you are at the same level.

Here is an example:
1. If I participate in a local network, my family, can I concurrently participate in a different family?
2. no! but I can participate in different scale identities.
3. I am both a member of my family and a member of my community.

מצטער פטור מהסוכה

הגמרא בסוכה אומרת:

מתני' 
שלוחי מצוה פטורין מן הסוכה 
חולין ומשמשיהן פטורין מן הסוכה 
אוכלין ושותין עראי חוץ לסוכה: 
גמ' 
מה"מ 
דת"ר בשבתך בביתך פרט לעוסק במצוה ובלכתך בדרך פרט לחתן 
מכאן אמרו הכונס את הבתולה פטור ואת האלמנה חייב 
מאי משמע 
אמר רב הונא כדרך מה דרך רשות אף כל רשות לאפוקי האי דבמצוה עסוק 
מי לא עסקינן דקאזיל לדבר מצוה וקא אמר רחמנא ליקרי 
אם כן לימא קרא בשבת ובלכת מאי בשבתך ובלכתך 
בלכת דידך הוא דמיחייבת הא בלכת דמצוה פטירת
...
גופא 
א"ר אבא בר זבדא אמר רב 
אבל חייב בכל מצות האמורות בתורה חוץ מתפילין 
שהרי נאמר בהן פאר מדאמר ליה רחמנא ליחזקאל פארך חבוש עליך וגו' 
את הוא דמיחייבת אבל כ"ע פטירי 
וה"מ ביום ראשון דכתיב ואחריתה כיום מר 

ואמר רבי אבא בר זבדא אמר רב 
אבל חייב בסוכה 
פשיטא 
מהו דתימא הואיל וא"ר אבא בר זבדא אמר רב מצטער פטור מן הסוכה 
האי נמי מצטער הוא 
קמשמע לן ה"מ צערא דממילא 
אבל הכא איהו הוא דקא מצטער נפשיה איבעי ליה ליתובי דעתיה
...
חולים ומשמשיהם: 
תנו רבנן 
     חולה שאמרו לא חולה שיש בו סכנה אלא אפילו חולה שאין בו סכנה 
     אפי' חש בעיניו ואפילו חש בראשו ארשב"ג פעם אחת חשתי בעיני בקיסרי והתיר ר' יוסי בריבי לישן אני ומשמשי חוץ לסוכה 

רב שרא לרב אחא ברדלא למגנא בכילתא בסוכה משום בקי 
[לא לא ברור שרב סובר ש׳בקי׳ פוטר מהסוכה, שהרי הוא לא היתר לרב אחא ברדלא לישון חוץ לסוכה, אלא פטר את הבעיה בתוך הסוכה.  או בשפה בריסקאית, רב סובר שבקי דוחה ולא מתיר]

רבא שרא ליה לרבי אחא בר אדא למגנא בר ממטללתא משום סירחא דגרגישתא 
[סתם מעניין שני ׳רב אחא׳ סבלו בסוכה, אולי סוכה לא בנוי לאחווה]

רבא לטעמיה דאמר רבא מצטער פטור מן הסוכה 

והא אנן תנן חולין ומשמשיהם פטורים מן הסוכה חולה אין מצטער לא 
אמרי חולה הוא ומשמשיו פטורים מצטער הוא פטור משמשיו לא: 
[נראה לי ברור מהלימוד האחרון, שמקור דין חולה היא שווה למקור דין מצטער, רק יש ההבדל כמותי ולא איכותי, מצטער אינו חולה כל כך, האם רבא חולק וסובר שמצטער מקור דינה אחרת?  אני חש שהגמרא רוצה להגיד כך, ׳רבא לטעמיה׳ אבל רב לא סובר כרבא.  ואולי השימוש בשפה כל כך דומה ׳רב שרא לרב אחא׳,  ׳רבא שרה ליה לרבי אחא׳ מבליט כמה שינויים, רבא נתן פסק ׳ליה׳ ואולי הכוונה שאין זה דין כללי, ולעולם רבא סובר כרב, רק לגבי רב אחא בר אדא הייתה פטור מיוחד]

=-=-=
הרמב״ם פוסק בפרק ו׳ הל׳ ב׳:

חולים ומשמשיהן פטורים מן הסוכה.
    ולא חולה שיש בו סכנה אלא אפילו חש בראשו ואפילו חש בעיניו. 
מצטער פטור מן הסוכה הוא ולא משמשיו. 
    ואיזהו מצטער 
    זה שאינו יכול לישן בסוכה 
          מפני הרוח 
 או
          מפני הזבובים והפרעושים וכיוצא בהן
 או 
          מפני הריח:

מפני הזבובים נראה מפורש בגמרא, וגם דין הריח.  אבל מה מקור דין ׳מפני הרוח׳ של הרמב״ם? עוד נראה לי ברור שהרמב״ם לא הביא ׳מפני החמה׳ ואינו סומך על הגמרא בע״ז

הרמב״ם פותח 

  בהל׳ א׳ ׳נשים פטורות...׳, כלומר האדם עצמו לא התחייב כלל.  

  הלכה ב׳ חולה פטור, האדם התחייב אבל כעת אין זה אותו אדם, האדם הנוכח איתנו פטור.  ואז דין מצטער.  

  הל׳ ג׳ ׳אבל חייב׳, האדם התחייב ואע״פ שהאדם הנוכח איתנו שונה, בכל זאת חייב (אולי משום שאין זה דומה לחולי שאינו יכול לשלוט בצער, הגמרא אומרת ׳איהו הוא דקא מצטער נפשיה איבעי ליה ליתובי דעתיה׳, כלומר האבל יכול לשלוט בעצמו, חולה אינו יכול לשלוט בעצמו.

  הלכה ד׳ שלוחי מצוה פטורים, האדם חייב, והסוכה עצמה אינה דוחה אותו ולא גופו, אלא משהו חיצוני.

יש תהליך של החצנה ברמב״ם, מתחילים בדינים השייכים לאדם, גופו, ואחר כך השפעת הסוכה על האדם, ואחר כך גורמים חיצוניים לסוכה המשפעים על האדם.

מדוע חולה פטור מהסוכה?

נראה לי בבירור שהגמרא מחלקת בין דין ׳תשבו כעין תדורו׳ ומתייחסת אליה בסוף הפרק, ושם אין איזכור של מצטער, המדד של ׳משתשרח המקפה׳ אינו כלל בענייני מצטער, אלא דין בתשבו כעין תדורו.  ולכן שוב השאלה היא מדוע חולה פטור?

ונראה לי שהמשנה והגמרא מניחים שקודם חייבין לענות על השאלה מדוע שלוחי מצווה פטורים מהסוכה.  והתשובה יפה כל כך, ׳בשבתך בבתך׳, כלומר כאשר עתה דר בבית שלך אתה חייב לצאת ממנה.  אבל כאשר את לא דר בבית שלך אין מצווה לצאת ממנה. וזה שונה בצורה מהותית מהחיוב לחוות את הסוכה בצורה של דיורים.

בשפה בריסקאית:

הדין של שלוחי מצווה מלמד מתי חל החיוב מלכתחילה

הדין של תשבו כעין תדורו מלמד מתי קיום החיוב

השאלה לגבי חולה היא האם חל חיוב עליו?  הרמב״ם נראה מחלק בין נשים ועבדים שלא חל חיוב כלל, לבין חולה ומצטער שחל חיוב עליהם, אבל כעת החיוב מופקע.  לא מפני שלא יכולים לקיים את חובתם (שאינם יכולים לשבת כעין דיורם) אלא מפני שעצם החיוב מופקע.  כמו שלוחי מצווה שאינם נמצאים במקום שחל החיוב עליהם, שהם במקום פטור (במקום המצווה שכעת עוסקים בה ואינם בביתם ובדרכם האישית, וכדי להתחייב בציווי מוטל האדם להיות פנוי (שיהיה לו חופש בחירה) לקבל את הציווי.  הקב״ה לא מצווה לבהמות ולא לאנשים שאין להם בחירה כעת).  לכן נראה שגם חולה וגם מצטער דינם שהם בגדר אנשים שאין להם בחירה חופשית.

וזה דברי הגמרא, כאשר היא אומרת שאבל יש לו בחירה, אבל יכול לבחור שלא להיות בצער, ׳איבעי ליה ליתובי דעתיה׳.  ולכן אבל חייב.  אבל מצטער נקלע למצב שאינו בעל שליטה על עצמו ולכן אין לו בחירה חופשית ואינו יכול להתחייב בציווי חדש.

ואולי קשה מלשון הרמב״ם הגדרת הפטור מכוח מצטער: ׳זה שאינו יכול לישן בסוכה...׳ שנראה מדבריו שהרמב״ם לומד את הפטור מאי-יכולת קיום המצווה ולא מאי-יכולת קבלת חובת המצווה.  ונראה לי שאין זה קשה, שהרמב״ם ממשיך את הדיון על חולה בקצת, שרק חש ברע, ואיפלו כך פטור מחובת המצווה (שהרי אין הבדל במחלתו בתוך הסוכה ומחוצה לה, ולכן הפטור לא יכול לבוא מתוך אי קיום ישיבת בסוכה).  ומתוך דין חולה קצת שחש ברע, אני לומד שדרגת הבחירה חופשית צריכה להיות שלימה, ואפילו יש הטהיה קטנה האדם לגבי ציווי של סוכה אינו נקרא חופשי.

הגמרא בע״ז דנה בשאלה אחרת, כיצד אומות העולם התנהגו כלפי ציווי.  לכל הדעות הם קיבלו ציווי, האם הם היו מגדר מצטערים ולא יכלו לקבל את הציווי או בגדר אבלים ולא יכלו לקיים.  העובדה שבעטו בסוכה מעיד שהם שלטו על עצמם ולכן לא קיימו.

מנין לרמב״ם ש׳רוח׳ פוטר את האדם מהציווי, ומחובת המצווה?  קשה לי, אולי הרמב״ם כתב רוח מלשון רוח רעה באדם, כמו במשנה בשבת פרק ב׳ משנה ה׳, מלנקאלי בלע״ז. וזה דברי הרמב״ם בפירוש המשניות שם:

״רוח רעה קוראין לכל מיני החולין הנקרא בערבי מלקוני"א כי יש מין מן החולי הנזכר שיברח החולי ויבדל מן הטבע האנושי הממוצע כאשר יראה האור או כשיתחבר עם בני אדם וישתעשע ותנוח נפשו בחשך ובהתבודדות בעת השתוממות והדבר הזה נמצא הרבה בבעלי המרות:״

לא נראה ... צריך לבדוק את הרי״ף בגמרא בע״ז...

Generalization of rules in human/non-human language

וְהָיָה֙ כִּֽי־תָב֣וֹא אֶל־הָאָ֔רֶץ אֲשֶׁר֙ ה' אֱלֹקיךָ נֹתֵ֥ן לְךָ֖ נַחֲלָ֑ה וִֽירִשְׁתָּ֖הּ וְיָשַׁ֥בְתָּ בָּֽהּ׃
וְלָקַחְתָּ֞ מֵרֵאשִׁ֣ית ׀ כָּל־פְּרִ֣י הָאֲדָמָ֗ה אֲשֶׁ֨ר תָּבִ֧יא מֵֽאַרְצְךָ֛ אֲשֶׁ֨ר ה' אֱלֹקיךָ נֹתֵ֥ן לָ֖ךְ וְשַׂמְתָּ֣ בַטֶּ֑נֶא וְהָֽלַכְתָּ֙ אֶל־הַמָּק֔וֹם אֲשֶׁ֤ר יִבְחַר֙ ה' אֱלֹקיךָ לְשַׁכֵּ֥ן שְׁמ֖וֹ שָֽׁם׃
וּבָאתָ֙ אֶל־הַכֹּהֵ֔ן אֲשֶׁ֥ר יִהְיֶ֖ה בַּיָּמִ֣ים הָהֵ֑ם וְאָמַרְתָּ֣ אֵלָ֗יו הִגַּ֤דְתִּי הַיּוֹם֙ לַה' אֱלֹקיךָ כִּי־בָ֙אתִי֙ אֶל־הָאָ֔רֶץ אֲשֶׁ֨ר נִשְׁבַּ֧ע ה' לַאֲבֹתֵ֖ינוּ לָ֥תֶת לָֽנוּ׃
וְלָקַ֧ח הַכֹּהֵ֛ן הַטֶּ֖נֶא מִיָּדֶ֑ךָ וְהִ֨נִּיח֔וֹ לִפְנֵ֕י מִזְבַּ֖ח ה' אֱלֹקיךָ׃
וְעָנִ֨יתָ וְאָמַרְתָּ֜ לִפְנֵ֣י ׀ ה' אֱלֹקיךָ אֲרַמִּי֙ אֹבֵ֣ד אָבִ֔י וַיֵּ֣רֶד מִצְרַ֔יְמָה וַיָּ֥גָר שָׁ֖ם בִּמְתֵ֣י מְעָ֑ט וַֽיְהִי־שָׁ֕ם לְג֥וֹי גָּד֖וֹל עָצ֥וּם וָרָֽב׃
וַיָּרֵ֧עוּ אֹתָ֛נוּ הַמִּצְרִ֖ים וַיְעַנּ֑וּנוּ וַיִּתְּנ֥וּ עָלֵ֖ינוּ עֲבֹדָ֥ה קָשָֽׁה׃
וַנִּצְעַ֕ק אֶל־ה' אֱלֹקי אֲבֹתֵ֑ינוּ וַיִּשְׁמַ֤ע ה' אֶת־קֹלֵ֔נוּ וַיַּ֧רְא אֶת־עָנְיֵ֛נוּ וְאֶת־עֲמָלֵ֖נוּ וְאֶת־לַחֲצֵֽנוּ׃
וַיּוֹצִאֵ֤נוּ ה֙' מִמִּצְרַ֔יִם בְּיָ֤ד חֲזָקָה֙ וּבִזְרֹ֣עַ נְטוּיָ֔ה וּבְמֹרָ֖א גָּדֹ֑ל וּבְאֹת֖וֹת וּבְמֹפְתִֽים׃
וַיְבִאֵ֖נוּ אֶל־הַמָּק֣וֹם הַזֶּ֑ה וַיִּתֶּן־לָ֙נוּ֙ אֶת־הָאָ֣רֶץ הַזֹּ֔את אֶ֛רֶץ זָבַ֥ת חָלָ֖ב וּדְבָֽשׁ׃
וְעַתָּ֗ה הִנֵּ֤ה הֵבֵ֙אתִי֙ אֶת־רֵאשִׁית֙ פְּרִ֣י הָאֲדָמָ֔ה אֲשֶׁר־נָתַ֥תָּה לִּ֖י ה' וְהִנַּחְתּ֗וֹ לִפְנֵי֙ ה' אֱלֹקיךָ וְהִֽשְׁתַּחֲוִ֔יתָ לִפְנֵ֖י ה' אֱלֹקיךָ׃
וְשָׂמַחְתָּ֣ בְכָל־הַטּ֗וֹב אֲשֶׁ֧ר נָֽתַן־לְךָ֛ ה' אֱלֹקיךָ וּלְבֵיתֶ֑ךָ אַתָּה֙ וְהַלֵּוִ֔י וְהַגֵּ֖ר אֲשֶׁ֥ר בְּקִרְבֶּֽךָ׃ 
(ס)
כִּ֣י תְכַלֶּ֞ה לַ֠עְשֵׂר אֶת־כָּל־מַעְשַׂ֧ר תְּבוּאָתְךָ֛ בַּשָּׁנָ֥ה הַשְּׁלִישִׁ֖ת שְׁנַ֣ת הַֽמַּעֲשֵׂ֑ר וְנָתַתָּ֣ה לַלֵּוִ֗י לַגֵּר֙ לַיָּת֣וֹם וְלָֽאַלְמָנָ֔ה וְאָכְל֥וּ בִשְׁעָרֶ֖יךָ וְשָׂבֵֽעוּ׃
וְאָמַרְתָּ֡ לִפְנֵי֩ ה' אֱלֹקיךָ בִּעַ֧רְתִּי הַקֹּ֣דֶשׁ מִן־הַבַּ֗יִת וְגַ֨ם נְתַתִּ֤יו לַלֵּוִי֙ וְלַגֵּר֙ לַיָּת֣וֹם וְלָאַלְמָנָ֔ה כְּכָל־מִצְוָתְךָ֖ אֲשֶׁ֣ר צִוִּיתָ֑נִי לֹֽא־עָבַ֥רְתִּי מִמִּצְוֺתֶ֖יךָ וְלֹ֥א שָׁכָֽחְתִּי׃
לֹא־אָכַ֨לְתִּי בְאֹנִ֜י מִמֶּ֗נּוּ וְלֹא־בִעַ֤רְתִּי מִמֶּ֙נּוּ֙ בְּטָמֵ֔א וְלֹא־נָתַ֥תִּי מִמֶּ֖נּוּ לְמֵ֑ת שָׁמַ֗עְתִּי בְּקוֹל֙ ה' אֱלֹקי עָשִׂ֕יתִי כְּכֹ֖ל אֲשֶׁ֥ר צִוִּיתָֽנִי׃
הַשְׁקִיפָה֩ מִמְּע֨וֹן קָדְשְׁךָ֜ מִן־הַשָּׁמַ֗יִם וּבָרֵ֤ךְ אֶֽת־עַמְּךָ֙ אֶת־יִשְׂרָאֵ֔ל וְאֵת֙ הָאֲדָמָ֔ה אֲשֶׁ֥ר נָתַ֖תָּה לָ֑נוּ כַּאֲשֶׁ֤ר נִשְׁבַּ֙עְתָּ֙ לַאֲבֹתֵ֔ינוּ אֶ֛רֶץ זָבַ֥ת חָלָ֖ב וּדְבָֽשׁ׃ 
(ס)

משנה בכורים
אֵלּוּ מְבִיאִין וְלֹא קוֹרִין, הַגֵּר מֵבִיא וְאֵינוֹ קוֹרֵא, שֶׁאֵינוֹ יָכוֹל לוֹמַר אֲשֶׁר נִשְׁבַּע ה' לַאֲבוֹתֵינוּ לָתֵת לָנוּ (דברים כו)

משנה תורה, הלכות ביכורים ושאר מתנות כהונה שבגבולין
פרק ג'
מִצְוַת עֲשֵׂה לְהִתְוַדּוֹת בַּמִּקְדָּשׁ עַל הַבִּכּוּרִים בְּשָׁעָה שֶׁמְּבִיאָם. מַתְחִיל וְקוֹרֵא (דברים כו ג) "הִגַּדְתִּי הַיּוֹם לַה' אֱלֹקיךָ כִּי בָאתִי אֶל הָאָרֶץ" וְגוֹ' (דברים כו ה) "אֲרַמִּי אֹבֵד אָבִי" עַד שֶׁיִּגְמֹר כָּל הַפָּרָשָׁה עַד (דברים כו י) "אֲשֶׁר נָתַתָּ לִּי ה'". וְאֵין קוֹרִין אוֹתָהּ אֶלָּא בִּלְשׁוֹן הַקֹּדֶשׁ שֶׁנֶּאֱמַר (דברים כו ה) "וְעָנִיתָ וְאָמַרְתָּ". בַּלָּשׁוֹן הַזֹּאת:

פרק ד' הַגֵּר מֵבִיא וְקוֹרֵא שֶׁנֶּאֱמַר לְאַבְרָהָם (בראשית יז ה) "אַב הֲמוֹן גּוֹיִם נְתַתִּי"ךָ הֲרֵי הוּא אַב כָּל הָעוֹלָם כֻּלּוֹ שֶׁנִּכְנָסִין תַּחַת כַּנְפֵי שְׁכִינָה. וּלְאַבְרָהָם הָיְתָה הַשְּׁבוּעָה תְּחִלָּה שֶׁיִּירְשׁוּ בָּנָיו אֶת הָאָרֶץ. וְכֵן כֹּהֲנִים וּלְוִיִּם מְבִיאִין וְקוֹרִין מִפְּנֵי שֶׁיֵּשׁ לָהֶן עָרֵי מִגְרָשׁ:

כסף משנה
ומה שכתב ולאברהם היתה השבועה וכו'.כלומר אע''פ שאברהם אב לכל העולם לא נטלו הגרים חלק בארץ מפני שבתחילה קודם שנאמר לו כי אב המון גוים נתתיך היתה השבועה וכו' נמצא שלא זכו בה אלא בניו ממש:
משנה תורה, הלכות מעשר שני ונטע רבעי

י״א פרק

מִצְוַת עֲשֵׂה לְהִתְוַדּוֹת לִפְני ה' אַחַר שֶׁמּוֹצִיאִין כָּל הַמַּתָּנוֹת שֶׁבְּזֶרַע הָאָרֶץ וְזֶהוּ הַנִּקְרָא וִדּוּי מַעֲשֵׂר:

הלכה י"ז
יִשְׂרָאֵל וּמַמְזֵרִים מִתְוַדִּים. אֲבָל לֹא גֵּרִים וַעֲבָדִים מְשֻׁחְרָרִים מִפְּנֵי שֶׁאֵין לָהֶם חֵלֶק בָּאָרֶץ וַהֲרֵי הוּא אוֹמֵר (דברים כו טו) "וְאֶת הָאֲדָמָה אֲשֶׁר נָתַתָּ לָנוּ". כֹּהֲנִים וּלְוִיִּים מִתְוַדִּים שֶׁאַף עַל פִּי שֶׁלֹּא נָטְלוּ חֵלֶק בָּאָרֶץ יֵשׁ לָהֶם עָרֵי מִגְרָשׁ:



https://www.etzion.org.il/

הרמב"ם פוסק (הלכות מעשר שני פי"א הי"ז) שגר אינו יכול לומר וידוי מעשרות, שכן אינו יכול לומר "האדמה אשר נתתה לנו". מדוע הרמב"ם מתיר לגר לקרוא פרשת ביכורים ולומר "האדמה אשר נתתה לי", אך אינו מתיר לו לומר וידוי מעשרות, שבו מופיע כמעט אותו הנוסח? 

http://www.justice.gov.il/Units/MishpatIvri/Gilyonot/294.doc

יש לך לומר הכל כתקנם, ואל תשנה דבר. אלא כמו שיתפלל ויברך כל אזרח מישראל, כך ראוי לך לברך ולהתפלל, בין שהתפללת יחידי בין שהיית שליח צבור. ועיקר הדבר, שאברהם אבינו הוא שלימד כל העם, והשכילם והודיעם דת האמת וייחודו של הקב"ה, ובעט בעבודה זרה, והפר עבודתה, והכניס רבים תחת כנפי השכינה, ולימדם והורם, וציווה בניו ובני ביתו אחריו לשמור דרך ה', כמו שכתוב בתורה: "כי ידעתיו למען אשר יצוה את בניו ואת ביתו אחריו ושמרו דרך ה'" וגו' (בראשית יח, יט). לפיכך, כל מי שיתגייר עד סוף כל הדורות, וכל המייחד שמו של הקב"ה כמו שהוא כתוב בתורה, תלמידו של אברהם אבינו עליו השלום, ובני ביתו הם כולם, והוא החזיר אותם למוטב. כשם שהחזיר את אנשי דורו בפיו ובלימודו, כך החזיר כל העתידים להתגייר בצוואתו שציווה את בניו ואת בני ביתו אחריו. נמצא אברהם אבינו עליו השלום הוא אב לזרעו הכשרים ההולכים בדרכיו, ואב לתלמידיו וכל גר שיתגייר. לפיכך, יש לך לאמר "אלקינו ואלקי אבותינו", שאברהם עליו השלום הוא אביך, ויש לך לומר שהנחלת "את אבותינו", שלאברהם נתנה הארץ, שנאמר: "קום התהלך בארץ לארכה ולרחבה כי לך אתננה" (בראשית יג, יז). אבל "שהוצאתנו ממצרים" או "שעשית נסים לאבותינו", אם רצית לשנות ולומר "שהוצאת את ישראל ממצרים" ו"שעשית נסים עם ישראל", אמור. ואם לא שנית, אין בכך הפסד כלום, מאחר שנכנסת תחת כנפי השכינה ונלווית אליו, אין כאן הפרש בינינו ובינך. וכל הנסים שנעשו כאילו לנו ולך נעשו. הרי הוא אומר בישעיה: "ואל יאמר בן הנכר הנלוה אל ה' לאמר הבדל יבדילני ה' מעל עמו" וגו' (ישעיהו נו, ג) - אין שום הפרש כלל בינינו ובינך לכל דבר.

=-=-

רעיון חדש. עקב פרופ קנת׳ סמיט

דור של פיתוח קובע ועולה התכללות 

=--=-=-=--=

=-=-

letter to Prof. Kenny Smith

I am still thinking about your proposition, that the generation of compositional structures are not unique to humans, which in my mind is fundamental and if true should shake up the world of Linguistics as well as Machine Learning.

[As a side note, you mentioned two types constraints (description length and communicability)  in Information Theory Shannon's complexity metric which measures desc. length is more popular but there is also LZ complexity which provides a more linguistic/compostional/dictionary based measure.]

Please forgive me, but I feel like I need to argue against your proposition.  The basic argument is that the system is outside the Baboons and hence the Human engineers that created the system have added the elements necessary for the generation of compostional structure.

Since, it seems that the Baboons where not constrained by a need to communicate, only by the minimum description length (or ease of key press), hence, it could be that the structure emerges due to physical constraints, spatial or temporal.

This reminds me of the problem with the Turing test.  Who is asking the questions?  If a human asks the questions that the machines answering the questions are part of joint system with humans, hence they are not intelligent on their own.

Similarly, the structure evolves because of the constraints that we humans provide into the system.  True the Baboons are not human, but you created a constraint where there exists artificial communication between Baboons.  In nature, a Baboon would need to perform an action, lets say pick a banana in a particular way, with their left index finger, and then communicate the results of that particular action to another Baboon.

[recent addition]
The current experiment constrains the medium of communication which in turn provides for the emergence of structure.  Yes, structure does emerge with human intelligence, but that is not a novel statement.  Nature is rife with structure.  However, structure can only emerge with a constraint on resources.  Humans are uniquely capable of creating such a constraint when communicating messages.

Actually a pretty weak difference, so if animals needed to shorten their communication and yet retain differentiation they would create language?

I believe they would not have the white-matter to do that, even if they tried.

=-=-= second letter:

Now reading your article: https://psyarxiv.com/4bx2g/ "How culture and biology interact to shape language and the language faculty"

Seems that you have already highlighted this point, you write:

While these various capacities in non-humans seem limited in comparison to the corresponding human traits, they suggest that the last common ancestor of humans and our closest non-linguistic relatives may have had some competence in all of the requisite areas; in other words, evolution may only be required to elaborate existing capacities in the ancestral population, rather than create them de novo. We can also scaffold experimental cultural systems in other animals and see how those cultural systems evolve. We found that systematically-structured behaviours evolved through transmission in a captive population of baboons (Claidi`ere, Smith, Kirby, & Fagot, 2014); when we provided a behaviour that could develop structure (sets of visual patterns), and facilitated transmission of these behaviours from animal to animal, the perceptual and cognitive biases of baboons were sufficient to drive the evolution of structured behaviours. This suggests that, if evolution produced the capacity for cultural transmission of communicative behaviours in our ancestors, interesting types of structure might have developed fairly rapidly even with minimal changes to the rest of the cognitive architecture.

Which I take to mean that currently the animal kingdom does not provide the capacity for cultural transmission of communicative behaviours.

I am thinking that Humans don't necessarily need the capacity to intuit intention in communication, rather they need the ability to abstract and create compositional languages.

=-=-=-

Baboon experiments:

Cultural evolution of systematically structured behaviour in a non-human primate

http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/royprsb/281/1797/20141541.full.pdf

=-=--

Kenny Smith, The University of Edinburgh - Colloquium - May 22 , 2018

https://www.youtube.com/watch?v=NjBtagmAi40

Language Learning, Language Use, and The Evolution of Linguistic Structure  Language is a product of learning in individuals, and universal structural features of language presumably reflect properties of the way in which we learn. But language is not necessarily a direct reflection of properties of individual learners: languages are culturally-transmitted systems, which persist in populations via a repeated cycle of learning and use, where learners learn from linguistic data which represents the communicative behaviour of other individuals who learnt their language in the same way. Languages evolve as a result of their cultural transmission, and are therefore the product of a potentially complex interplay between the biases of human language learners, the communicative functions which language serves, and the ways in which languages are transmitted in populations. In this talk I will present a series of experiments, based around artificial language learning, dyadic interaction and iterated learning paradigms, which allow us to explore the relationship between learning and use in shaping linguistic structure; I will finish with an experimental study looking at cultural evolution in non-human primates, which suggests that systematic structure may be an inevitable outcome of cultural transmission, rather than a reflection of uniquely human learning biases.

from: 

The cognitive prerequisites for language: insights from iterated learning

from: 

Cultural evolution of systematically structure behaviour in a non-human primate

אור חוזר - מערכת יחסים מדרגה שניה

הרב אשלג מגדיר שתי סוגים של אור חוזר בפתיחה לחכמת הקבלה, באיזור אות י״ד ואות ט״ו.  קיים אור חוזר מלביש, ואור חוזר פשוט.  האור חוזר המלביש הוא השאריות של האור הנדחה, והאור חוזר הפשוט, הוא האור הנדחה שחוזר ועולה למאציל.  האור חוזר המלביש נותן רצון להשפיע בכלי הקבלה, והיפוך הכלי קבלה לכלי השפעה, והמשל של הרב אשלג (אות ט״ז נדמה לי) מפליא ביופיו, כיצד הכלים מתהפכים.

מעניין מה זהות הכלי כאשר הוא מתהפך, כנראה נראה בכלי רושם של הזהות הקודמת, ככלי קבלה, ובמקביל יש בו מכוח האור חוזר המלביש זהות של כלי השפעה.  כאשר אני מקבל על מנת להשפיעה, הכלי קבלה התהפך לכלי השפעה.

מאיפה מגיע הוא חוזר? הרב אשלג מגדיר את הביטוש (נדמה לי) ההקאה בין האור שהמאציל רוצה להשפיע לבין הדחיה של הנאצל (כדי לא להתרחק מצורות המאציל).  כוח ההתגברות על הקבלה של האור היא עבודה גדולה לדברי הרב גוטלייב.

האם שתי השלבים האלו, שלב ראשון שבו הכלי קבלה התפתחו ונפרדו מהבורא והתגשמו על ידי פירוד זה בשיעור קומתם לכלי קבלה (אותיות קודמות) ושלב שני שבו הכלי מתהפך ועל ידי האור חוזר נהיה כלי השפעה, הם שלבים בהיררכיה או בתהליך ליניארי?  כלומר האם הכלי שהתהפך הוא בדרגה גבוהה יותר משום שהוא כולל כמה פרטים, את הכלי בדרגה נמוכה יותר ועוד את האור חוזר (היררכי)?  או קיימת שלבים של התפתחות, ושלב ראשון הוא הסיבה לשלב השני המסובב (לינארי)?

לשיטתי הרב קוק יפרש אור חוזר כתהליך היררכי, שבו הכלל שהתכלל מהפרטים (ובא בתהליך שהוא בוקע ועולה מתוך הריבוי של האינפורמציה דרגה הנמוכה) חוזר ומקרין על הפרטים.  הזהות של הפרטים עכשיו מורכבת מהזהות הפרטי שהיה להם ביחד עם הזהות הכללי שקיבלו מהדרגה העליונה.

אלא שעכשיו נראה לי שהזהות של הכלל מהדרגה העליונה גם היא צריכה להיות דבר שנבנה בצורה כללית, ולא על ידי הנחיה פרטית.  אם הדרגה העליונה אחרי שנוצרה מריבוי האינפורמציה והוכרחה להתהוות, מקבלת שם.  השם ינחה את הדרגה והיא תקבע בצורה של הכרח, היא תכפה על הדרגה הנמוכה וכל פרטיה לקבל את סמכותה.  ודבר זה מוכרח ממציאות שקיימת בה רק פרט אחת בדרגה העליונה.

לכן נראה, שכדי לפתח את הבחירה החופשית בו בזמן שהפרטים בדרגה הנמוכה מקבלים מהאור חוזר חייבים שגם בדרגה העליונה יתהווה כמה וכמה פרטים.

בדומה ושונה הרב אשלג מסביר כיצד האור שבא בבריאת הכל מבטל את הכלי, לשיטת הרב אשלג הכלי לא פיתח חיסרון, ולכן אינה נבחנת לכלי כלל.

לשיטתנו בפרטים (בדומה לכלים) מוכרחים לפתח בחירה חופשית ולא להתבטל לעליון.  אלא שהפיתוח של הבחירה החופשית לא יכולה לבוא מהעליון -- כמעט בהגדרה.  לכן לשיטתנו גם העליון הבוקע ועולה מתוך התחתון אינו יכול לחזור ולהקרין בצורה ישירה (אחרי ניתנת שם למשל) אלא שוב על ידי ריבוי אינפורמציה בדרגה העליונה מתהווה מקום עליון יותר, ורק אחרי התהוות הדרגה השלישית אפשר להקרין חזרה באור חוזר לתחתון מהדרגה השניה.

במקום להקרין שם של דרגה שניה, מקרינים מערכת יחסים בין פרטים בדרגה השניה.  המערכת יחסים מוגדרת על ידי הדרגה השלישית.

למשל: בדרגה נמוכה הפרטים הם הרבה מוטות של עץ שונים זו מזו, על ידי חיבור בין המוטות ויצירת אינפורמציה (צורה מוגבלת) בוקע ועולה דרגה גבוהה יותר, כסא, שהוא שם שניתן לדרגה השניה.  אם השם ׳כסא׳ יוקרן למטה לפרטים בדרגה השניה אז מי שנתן את השם הוא יכפה על הפרטים, המוטות את הבנתו כיצד הם חלק מכסא. 

אלא אנחנו צריכים להביא כמה וכמה נגרים, שיבנו כמה וכמה חפצים (כסאות ללא שם), על ידי ריבוי הנגרים ומערכת היחסים בין הנגרים (קבוצות של נגרים בנו דברים דומים) יבקע ויעלה עוד דרגה, נניח שבתוכה קיימת שתי קבוצות ואפשר לתת להם שמות ׳אומנות מודרני׳ ו׳אומנות מסורתית׳.

נוכל להתעלם מהשמות בדרגה העליונה ביותר, אבל להתייחס לקבוצות שנוצרו מעליהן.  ועכשיו אפשר להקרין לכל פרט ופרט בדרגה הנמוכה ביותר מספר/מאפיין של הקבוצה שהשתמשה בה. יש נגר שהשתמה בארבע מוטות ויש נגר שהשתמש בשלושה.  כל פרט, מוט, בדרגה הנמוכה יש לו עכשיו שזהויות, זהות פרטית ׳אני מוט אם מאפיינים שלי, ישר, ארוך...׳ ויש לו זהות כללי שהוקרן באור החוזר ׳אני שייך לקבוצה א׳ של נגרים׳.

נראה לי שדבר דומה קורה כאשר אני מדבר עם רב, תלמיד חכם.  אם אני מדבר עם כמה וכמה רבנים בכמה וכמה נושאים, בוקע ועולה דרגה גבוהה יותר, הפשטה, אלו רבנים דומים באלו נושאים -- המשגה חדשה.  הידע העליון מקרין על הפרט התחתון, ועכשיו אני קורא את המציאות באור של ההמשגה החדשה.  למשל, האם עין אלקטרוני המדליק אור בחדר אסורה בשבת, על ידי ריבוי האינפורמציה בדרגות העליונות נוצרה הקשר מחודש, שאני יצרתי על ידי הבחירה שלי לדבר עם הרבנים האלו בנושאים האלו.  ולכן שאני ניגש לקרוא את המציאות של העין האלקטרוני אני יקרוא אותה לאור ההמשגה החדשה, לפי קבוצה א׳ של רבנים פסיק רישא, מתעסק, לפי קבוצה ב׳ של רבנים העברת פקודה וכתיבה.  נכון שהפרט יש לו זהות פרטית ומאפיינים פרטיים, האור נדלק על ידי עין אלקטרוני, אבל הכלל מקרין עליו עוד זהות, חברתית תלמודית.

Information flow in complex systems -- how recommendation engines free one from coercion

Information flow provides for a good differentiation between a complex system and a complicated system.

Karoline Wiesner, describes a number of complex systems, and notes that some systems like a watch are very complex yet a single part can undermine the entire function of the watch.  As opposed to other types of systems such as a bee hive or ant colony where individual elements do not undermine the hive/colony.

Perhaps a watch is a complicated system while the hive is a complex system.  Both systems enable a holistic function, a product of the system that is greater than and in a manner independent of the parts, the signature of a complex system.

Yet, I would like to differentiate between the two types of systems.  A system whose identity is tightly coupled to its parts is a complicated system.  While a system whose identity is independent of its parts is a complex system.

I understand there to be levels, a hierarchy, in complex systems, where local connectivity among elements in a lower level provide for the emergence of a higher level, the whole that is greater than the parts.

The thing I am struggling with is that intuitively I know that there must be a restriction on the information flow between levels.  This is because an unrestricted flow of information between levels would collapse the system.  As an analogy I think of multi-level artificial neural networks with linear transition functions, they collapse to a single linear network.

Yet, there should be some flow between the levels.  The whole should be able to communicate to the parts its identity so that the parts can better define their local rules (this is not the same as the whole communicating to the parts their behavior).

I was thinking that a good example of this phenomena is learning as differentiated from memorization.  Learning occurs when data perceived in a first domain is abstracted and stored as an abstraction in a new word (expanding the language).  It is this abstraction that enables transfer of knowledge to a second domain, the generalization that tests the efficacy of the learning.  This is in contrast to memorization, that faithfully stores the data perceived in the first domain, yet can not generalize and transfer that knowledge to a second domain.

Hence, in learning there are two levels, at the lower level the data from the first domain is stored, these are the parts.  After the abstraction occurs, a higher level concept is stored and associated with a new word.  This higher level abstraction can not utilize the same descriptive language as the lower level, that would undermine the abstraction and hence the learning.

Yet, once the higher level abstraction exists it can and should be utilized to enhance the functionality of the parts.  But how to do that without coercing the parts to fit into a predefined framework?

I think the secret is that we need multiple instances of the thing.  

Lets suppose we have a system that is constructed of parts.  We need multiple instantiations of this system, each by a different craftsman.  Only then can we create second-order relationships between the abstractions at the higher level.

Thus, each craftsman will have created their own version of the abstraction.  Their own dialect to describe the system.  When we look at the relationship between the different dialects a new set of higher order ideas will converge to create a new language (this time shared among the craftsman).  

Now comes the trick:

Since each craftsman employed the same parts (this is critical, the parts are shared among all the craftsman, they must be utilizing the same lower level language) we can now back project the second-order relationships between the craftsman back onto the parts!

Now the parts have two elements to their identity, they have their initial functionality and they have an element that is back projected.

So we are left with an information flow between the levels that is back projected without any coercion.  While retaining the emergent property and disconnect between the forward projection of the low level (memorized parts) with the higher level abstraction, thus enabling learning (the gap between levels) while providing for a communication between levels.

This is why recommendation engines are so powerful, if you want to know if to invest in a resource, say purchase and read a book, you could check the contents, but that would be a low level analysis of the parts.  Since multiple people have read multiple books, we can construct higher second-order relationships that provides a new language.  This new language describes the reader's relationships, a social construct.  When we back-project those relationships onto the books we infuse the books with information from the higher level.  Now the books are more than the sum of their words, they are also social constructs.

Now, you might want to argue that external influence and coercion exists through the multiplicity of craftsman.  Yet, you chose the craftsman either explicitly or through your choices.  Following the previous example, by choosing to read a book (perhaps initially based on content) you have entered into a domain of experts (a subset of other readers).

Your choice drives the identity of the elements that you will meet. Hence, when I meet a book and you meet the same book, they are not the same, even though they may contain the same content, but because each book is infused with a second identity, through the second-order relationships, they are different books.  Simply said, the words in the book have different meaning to me than to you due to the different social constructs that we live in, each providing a different context to the words and hence a different meaning.

=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= conversation with Gideon Kowadlo - below

> What types of emergent properties between levels could be not causal?

How about a recommendation engine.  At a lower level there are individuals who recommend things (let's say books).  So, there is a pattern classifier for each individual, no hierarchy yet.  Now the question is which book should I read.  So I need a higher level answer.  

A first method (1) for providing an answer might be (a causal relationship) some function of the lower level.  For example, take a book that the majority of the individuals read and recommend that on the higher level.

But we can do something different, method (2).  We can create a relationship between the individuals, based on something else other than their favorite books.  Lets say I chose to make the relationship based on movies, while you chose to make the relationship based on favorite politician.  This relationships provide for a higher level structure (here there is a hierarchy), e.g., this group of individuals prefer action movies or left/right-wing politicians.

Now we can utilize this second method (2) to provide an answer to which book I should read, we can go back and say, people that like action movies or that share favorite politicians prefer this book.

Is there a difference between method (1) and method (2).  I want to argue that there is.  In a pure causal relationship I would not expect that given the same set of individual pattern classifiers (book recommendations) they would come to different conclusions for me or you.  But they do, because we added a dimension of information that is specific to you or me.

You could argue that once all is said and done, when we know which secondary parameters are employed to create the relationship between the individuals, then we have a causal system.  But that is cheating.  Because I agree that when you map an external system into your closed system, you create a new closed system (we had this conversation before)

So, the emergent system exists for a brief period in time, when we each map the two systems differently.  After we have mapped the systems, yes they look causal, but the mapping itself is an emergent process.

This is true, since when I decided to utilize movies as my method for relationship creation, I did not know how that would play out.  The result of utilizing movies created the new external system.  Remember the steps in the process, first I chose a metric for relationships, then I let the individuals work out their own relationships based on the metric I chose, then I utilized the groups that they created to map back into my closed system and create the meaning I needed to determine which book to read.

So, before I started I did not know how it would end (because I did not know what relationships would exist in the other system and hence how that would map to my system), after all is said and done, of course it looks causal, that is the nature of emergent systems, in retrospect they look causal.

This is very different than method (1) where a priori we know the resolution to the problem, since we start and end within the SAME closed system.